Modélisation en langage Kappa de la dynamique des cellules étoilées hépatiques durant le développement et la réversion de la fibrose

Type de soutenance
Thèse
Date de début
Date de fin
Lieu
IRISA Rennes
Salle
Amphithéâtre Inria Rennes
Orateur
Matthieu Bouguéon (DYLISS)
Sujet

Titre : Modélisation en langage Kappa de la dynamique des cellules étoilées hépatiques durant le développement et la réversion de la fibrose

Résumé :
La fibrose hépatique est une réponse de cicatrisation excessive induite par des lésions chroniques. Elle se caractérise par une accumulation de matrice extracellulaire (MEC), principalement constituées de collagène 1 (COL1), qui augmente la rigidité des tissus et entraîne un grave dysfonctionnement du foie. L'activation des cellules étoilées du foie (CEF), induite par le facteur de croissance TGFB1, est le principal processus à l'origine de la fibrose hépatique.
Afin d'étudier la dynamique des CEF durant le développement et la réversion de la fibrose, nous avons développé un modèle multi-échelle intégrant les différents états des CEF ainsi que leur production de COL1, sous influence du TGFB1. Ce modèle est implémenté avec le langage Kappa, qui est un langage de réécriture de graphes à sites. En plus d'être le premier modèle multi-échelle de Kappa, ce modèle nous a permis de capturer la plasticité des cellules étoilées durant le développement et la réversion la fibrose. Les prédictions du modèle montrent que l'état d'inactivation des CEF joue un rôle essentiel dans le développement de la fibrose. Le modèle a été validé par de nouvelles expériences chez la souris et les prédictions ont été validées avec des données de RNAseq chez des patients fibrotiques.

L’accès du public à cette soutenance est contraint à une inscription préalable obligatoire auprès de pr%C3%A9nom [*] nomatinria [*] fr (marie[dot]le_roic[at]inria[dot]fr) – L’accès ne sera pas autorisé sans inscription préalable. Par ailleurs, les visiteur.euses ne porteront ni bagage ni sac.

Composition du jury
Rapporteur·ices :
Anna NIARAKIS, Professeur des universités - Université de Toulouse
Cédric LHOUSSAINE, Professeur des universités - Université de Lille
Fabien CRAUSTE, Directeur de recherches CNRS - UMR 8541 CNRS, Univ Paris Cité

Jury :
Anna NIARAKIS, Professeur des universités - Université de Toulouse
Cédric LHOUSSAINE, Professeur des universités - Université de Lille
Fabien CRAUSTE, Directeur de recherches CNRS - UMR 8541 CNRS, Univ Paris Cité
Sophie LOTERSZTAJN, Directrice de recherches Inserm - UMR 1149 Inserm, Univ Paris Cité

Directrices de thèse :
Nathalie THÉRET, Directrice de recherches Inserm - UMR1085 Inserm, EHESP, Univ Rennes
Anne SIEGEL, Directrice de recherches CNRS - UMR 6074 CNRS, Inria, Univ Rennes

Encadrant :
Jérôme FERET, Chargé de recherches Inria - ENS, Paris