Le microbiome, sous l’angle bio-informatique

Publié le 02/02/2021

A l’IRISA des chercheurs et chercheuses travaillent sur la thématique des microbiomes, notamment au sein des équipes GenScale et Dyliss, en collaboration avec plusieurs groupes de biologie et santé de la Région Bretagne. Plusieurs projets sont en cours ou démarrent cette année (industriels, collaboratif, CIFRE, ANR…) dont les projets en cours SeqDigger, Idealg, Rapsodyn et Prolific pour n’en citer que quelques-uns, en attendant le démarrage des projets Deep Impact et Seebioz cette année.

Lors de la journée Microbiomes, qui a lieu à Rennes le 01 octobre dernier, des aspects variés concernant la place des microbiotes ont été abordés, notamment sur la santé humaine, pour le développement et la résistance des plantes, des algues.  La compréhension de ce microbiote a aussi été largement abordée sous l’angle bio-informatique, en particulier à travers des travaux de recherche et projets de collaboration avec l’IRISA :

  • Kevin DA SILVA, doctorant dans l’équipe Genscale : « Identification and quantification of strains in a strain mixture using variation graphs », dans le cadre d'un projet visant à mieux caractériser les données de microbiote intestinal en continuation des travaux implémentés par Genscale dans la suite logicielle GATB (https://github.com/GATB/)
  • Arnaud BELCOUR, doctorant dans l’équipe de recherche Dyliss : « Using metabolic complementarity in microbiome to understand interactions among organisms », qui a en particulier présenté l'application de l'outil metage2metabo (https://github.com/AuReMe/metage2metabo) dans le cadre d'une collaboration avec le centre Inrae du Rheu.
  • Les résultats présentés par Elham KARIMI (LBI2M, Roscoff) « Expanding our understanding of the algal holobiont: potential keystone bacterial species of Ectocarpus singled out through metabolic complementarity » , sont le fruit de collaboration avec l’équipe de recherche Dyliss, en particulier l'utilisation des outils AuReMe et miscoto
  • Et enfin à travers l’intervention de Christophe MOUGEL (IGEPP, Le Rheu) : « Le microbiote des plantes, un enjeu scientifique ». Présentation d'un projet DeepImpact (dans le cadre "PPR Protéger et Cultiver autrement ») où les équipes de recherche Dyliss et Genscale sont partenaires pour identifier des communautés synthétiques permettant d'expliquer la réponse des environnements bactériens de plantes

Pour voir et ou revoir les exposés de cette journée, suivez ce lien