Le candidat sera rattaché à l'équipe GenScale, IRISA, Beaulieu, Rennes.
GenScale est une équipe de recherche en bioinformatique. Son objectif principal est de développer des méthodes, des outils et des logiciels évolutifs pour le traitement des données génomiques. Les recherches sont motivées par le développement rapide des technologies de séquençage de nouvelle génération (NGS) et de troisième génération (TGS) qui posent des problèmes très difficiles tant en termes de bioinformatique que d'informatique.
La mission de l'ingénieur d'études s'inscrit dans le cadre d'un projet de recherche européen, le projet BioPIM, programme EIC PATHFINDER, qui a démarré en mai 2022. Ce projet a, entre autre, pour objectif de paralléliser et d'évaluer des algorithmes du domaine de la génomique sur une architecture de type « Processing-in-Memory » (PIM). L'architecture matérielle s'appuie sur une nouvelle mémoire DRAM développée par la société UPMEM (partenaire du projet) permettant de créer des barrettes mémoire de 8 Go qui intègrent en leur sein 128 micro-processeurs. Plus spécifiquement, la mission sera de développer, de paralléliser, d'implémenter, de tester et de valider des algorithmes du domaine de la génomique sur des architectures PIM.
Activités
• Paralléliser des algorithmes du domaine de la génomique sur PIM
• Mettre en œuvre la parallélisation sur des serveurs UPMEM
• Évaluer les performances
• Participer activement au projet européen BioPIM
• Langage de programmation : C, C++, Python
• Méthodologies de test et d'intégration continue
• Parallélisme
• Anglais technique
Niveau de formation
• Ingénieur, Master
Domaine de formation
• Informatique, Génie logiciel
NB : des connaissances en génomique ne sont pas requises