Caractérisation en modules fonctionnels des protéines ADAMTS-TSL, par approches de phylogénies Characterization in functional modules of ADAMTS-TSL proteins, by phylogeny approaches

Defense type
Thesis
Starting date
End date
Location
IRISA Rennes
Room
Métivier
Speaker
Olivier Dennler (DYLISS)
Theme

Lundi 19 décembre à 14h00 en salle Métivier à l'Inria Rennes, Olivier Dennler soutiendra sa thèse intulée :

Caractérisation en modules fonctionnels des protéines ADAMTS-TSL, par approches de phylogénies
Characterization in functional modules of ADAMTS-TSL proteins, by phylogeny approaches

Résumé :

Les protéines multidomaines ADAMTS-TSL humaines sont impliquées dans de nombreuses pathologies.
Codées par 26 gènes paralogues, leur combinatoire en domaines ne suffit pas à caractériser leurs différences fonctionnelles.
Nous proposons dans cette thèse une nouvelle approche d'identification des régions fonctionnelles des séquences.
Pour cela nous utilisons des séquences de 9 espèces eucaryotes afin d'identifier des modules de séquences conservées propres à certains sous-groupes de séquences homologues.
L'analyse évolutive des modules identifiés est obtenue en effectuant une reconstruction phylogénétique conjointe des gènes, des espèces et des modules.
Par ailleurs, pour valider l'intérêt fonctionnel des modules identifiés, nous associons des phénotypes (PPI) à cette histoire évolutive.
Ce qui a abouti à identifier des acquisitions concomitantes de « modules/phénotypes », prédisant la fonctionnalité de ces modules.
Appliquer cette approche aux protéines ADAMTS-TSL humaines nous a permis d'identifier de nouvelles régions fonctionnelles, plus fines, non contiguës et à même d'en décrire les spécificités.

 

Abstract :

The human ADAMTS-TSL multidomain proteins are involved in numerous pathologies.
Encoded by 26 paralogous genes, their domain combination is not sufficient to characterize their functional differences.
We propose in this thesis a new approach to identify functional regions of the sequences.
For this purpose, we use sequences from 9 eukaryotic species to identify conserved sequence modules specific to certain subgroups of homologous sequences.
The evolutionary analysis of the identified modules is obtained by performing a joint phylogenetic reconstruction of genes, species and modules.
Furthermore, to validate the functional interest of the identified modules, we associate phenotypes (PPI) to this evolutionary history.
This has led to the identification of concomitant acquisitions of "modules/phenotypes", predicting the functionality of these modules.
Applying this approach to human ADAMTS-TSL proteins has allowed us to identify new, finer, non-contiguous functional regions that can describe their specificities.

 

Composition of the jury
Rapporteur·rices :
Lydie LANE : Co-directrice du groupe CALIPHO, Université de Genève, SIB
Hugues RICHARD : Directeur de recherche Robert Koch Institute, Berlin

Autres membres :
Vincent BERRY : Professeur Université Montpellier, LIRMM
Pierre TUFFERY : Directeur de recherche INSERM, Paris

Directrice de thèse :
Nathalie THÉRET : Directrice de recherche INSERM, Rennes
Co-directeur :
François COSTE : Chargé de recherche Inria, Rennes

Invité·es :
Samuel BLANQUART & Chargé de recherche Inria, Rennes
Catherine BELLEANNÉE & Maîtresse de conférence Université de Rennes 1