La mission se place dans le cadre d'une collaboration entre l'équipe DYLISS de l'IRISA et le Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons de l'INRAE, dirigé par Julien Bobbe.
La mission consistera à mettre au point un pipeline d'analyses de données de type miRNAs dans le cadre d'une étude multi-centrique sur les conditions d'élevage de truites. Différents phénotypes ou conditions d'élevage seront comparés, afin de mettre en évidence des biomarqueurs potentiels (analyse différentielle puis analyse prédictive). Un répertoire complet des miRNAs analysés et des conditions auxquelles ils sont liés sera établi.
Activités
L'ingénieur-e de recherche participera à la mise en place effective de tout le pipeline d'analyse des données -omiques recueillies dans le cadre du projet. Ceci l'amènera à :
• Réaliser le contrôle qualité des données, en lien avec les différents responsables de projet ;
• Participer aux choix d'outils (mirDeep2, Prost…) et choix méthodologiques pour la stratégie d'analyse ;
• Etablir un nouveau catalogue exhaustif des miRNAs présents chez la truite, le comparer au répertoire existant ;
• Pour chaque phénotype étudié, et en lien avec les différents responsables de projet et de site, mettre en évidence les miRNAs différentiellement exprimés et pouvant servir de variables explicatives ; dans les cas favorables, étudier la possibilité d'utiliser les variables sélectionnées en vue d'une approche prédictive de phénotype.
• Formater les résultats de l'étude globale et les intégrer aux connaissances existantes.
• Doctorat en bio-informatique ;
• Langages de programmation : R requis, Python souhaité ;
• Des connaissances en apprentissage automatique seraient un plus ;
• Maîtrise de l'anglais technique et scientifique
• Bonnes aptitudes rédactionnelles.
Pour candidater : https://bit.ly/3dk3Huo