Trois intervenants:

• Joel Querellou
• Didier Flament
• Laure Quintric

Les organismes vivants utilisent des complexes macro-moléculaires pour répondre aux dommages causés sur l’ADN par des agents endo- ou exogènes. La grande variété des types de lésions sur l’ADN ainsi que l’importance biologique de les résoudre, reflète la diversité des stratégies biochimiques de réparation de l’ADN découvertes chez les organismes modèles. Chez les archaea hyperthermophiles, l’étude des mécanismes de maintenance génomique en est à ses débuts. Pourtant, l’exploration de ce champ thématique soulève de nombreuses interrogations chez ce type d’organismes. En effet, on les trouve souvent inféodés à des biotopes hostiles d’un point de vue anthropomorphique, où sévissent des conditions extrêmes de température, de pH, de pression ou de salinité, conditions propices à l’apparition de lésions sur l’ADN. Or, le taux de mutations spontanées, chez les hyperthermophiles, est similaire à celui des bactéries mésophiles, ce qui suggère que ces micro-organismes réparent l’ADN endommagé de manière « extrêmement » efficace et sont donc susceptibles de révéler de nouveaux aspects moléculaires de la stabilisation et de la réparation de l’ADN.

Un zoom sur les séquences génomiques des archaea dont le génome complet est disponible révèle cependant deux traits singuliers :

• Comparativement aux représentants des deux autres domaines du vivant, Bactéries et Eucaryotes, les Archaea possèdent un répertoire très appauvri en ADN-polymérases spécialisées dans la réparation de l’ADN.

• D’autre part, certaines grandes voies métaboliques de la réparation de l’ADN, par ailleurs bien conservées chez les Eucaryotes et les Bactéries, sont absentes ou incomplètes chez les Archaea. C’est le cas de la voie de réparation des mésappariements ainsi que celui du système de reconnaissance des lésions de la voie de réparation par excision de nucléotides.

Dans ce contexte, quel pourrait être l’apport de la bio-informatique pour déterminer s’il existe de nouvelles activités ADN polymérase, plus particulièrement dédiées à des fonctions de réparation ? Et quels sont les voies métaboliques ou les mécanismes moléculaires particuliers, mis en œuvre par les archaea hyperthermophiles, pour réparer leurs chromosomes dans ces conditions « aux limites de la vie » ?

Cette discussion sera suivie par une présentation des activités bio-informatiques du service informatique de l'Ifremer.