Workshop Algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique

Inscriptions et informations pratiques: http://www.irisa.fr/symbiose/people/ppeterlongo/seqbi/

Les 10 et 11 janvier 2011 se tiendront à Rennes les journées "Algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique", organisées conjointement par l'axe "analyse de séquence" du GDR Bio-Informatique Moléculaire (3003) et le groupe de travail COMATEGE du GDR Informatique Mathématique.

Ce workshop francophone est axé sur la combinatoire des mots et l'algorithmique du texte. Les travaux présentés peuvent être fondamentaux, et/ou avec des applications à l'analyse bio-informatique des séquences biologiques. Cela inclut les sujets suivants, sans y être limité :

combinatoire des mots et applications
algorithmes du texte
structures d'indexation
analyse des données de séquençage haut-débit (SHD, NGS)
recherche, découverte et analyse de motifs

mots sturmiens et leurs généralisations
structures abéliennes dans les mots
statistique des mots
méthodes de génomique comparative
outils d'analyse des répétitions génomiques
cartographie et annotation des génomes
haplotypes et polymorphismes
approches ab initio

Programme:

Lundi 10 Janvier:

    * 10h : accueil
    * 10h30-12h00:
          o Guillaume Blin, Romeo Rizzi, Florian Sikora and Stephane Vialette     Minimum Mosaic Inference of a Set of Recombinants
          o Laurent Bulteau, Guillaume Fertin and Irena Rusu     Sorting by Transpositions is Difficult
          o Guillaume Fertin, Hafedh Mohamed Babou and Irena Rusu     LPDAG: Longest Path in a DAG with outlier graph
    * 12h00-14h00: repas
    * 14h00-15h30:
          o Dominique Lavenier and Nicolas Maillet     Read Corrector
          o Nicolas Philippe, Mikael Salson, Thierry Lecroq, Martine Léonard, Therese Commes and Eric Rivals     A solution to index large set of short reads
          o Gabriele Fici, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre and Elise Prieur-Gaston     Computing Abelian Periods in Words
    * 15h30-16h: Pause
    * 16h-17h:
          o Alban Mancheron, Raluca Uricaru and Eric Rivals     A Novel Approach for Comparative Genomics & Annotation Transfer
          o Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti and Marie-France Sagot     Identifier des éléments biologiques dans les reads sans assemblage ni génome de référence
    * 17h-18h: session ouverte
    * 18h00: apéro

Mardi 11 Janvier:

    * 9h30 : accueil
    * 9h30-10h30:
          o Fivos Maniatakos and Carlos Agon     Indexing of music sequences: from Factor Oracles to Multi Factor Graphs
          o Julien Allali, Cedric Chauve, Pascal Ferraro and Anne-Laure Gaillard     Efficient chaining of seeds in ordered trees
    * 10h30-11h00: pause
    * 11h00-12h00:
          o Gregory Kucherov, Tamar Pinhas, Michal Ziv-Ukelson     Regular Language Constrained Sequence Alignment Revisited
          o Djamal Belazzougui     Worst case efficient single and multiple string matching in the RAM model
    * 12h00-14h: repas
    * 14h-15h30:
          o Rafael Carrascosa, François Coste, Matthias Gallé, Gabriel Infante-Lopez     A la recherche de la plus petite grammaire générant une séquence et application à l'ADN
          o Omar AitMous, Frédérique Bassino and Cyril Nicaud     Listes creuses - plus d’espace que de temps
          o Julien Clément, Frédérique Bassino and Pierre Nicodème     Counting occurrences for a finite set of words: combinatorial methods
    * 15h30: pause
    * 16h00: fin des journées.

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