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Lundi 10 et Mardi 11 Janvier, workshop SeqBi |
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Written by Pierre PETERLONGO
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Workshop Algorithmique, combinatoire du texte et
applications en bio-informatique
Inscriptions et informations pratiques: http://www.irisa.fr/symbiose/people/ppeterlongo/seqbi/
Les 10 et 11 janvier 2011 se tiendront à Rennes les
journées
"Algorithmique, combinatoire du texte et applications en
bio-informatique", organisées conjointement par l'axe "analyse
de
séquence" du GDR Bio-Informatique Moléculaire (3003) et
le groupe
de travail COMATEGE du GDR Informatique Mathématique.
Ce workshop francophone est axé sur la combinatoire des mots et
l'algorithmique du
texte. Les travaux présentés peuvent être
fondamentaux, et/ou avec des
applications à l'analyse bio-informatique des séquences
biologiques. Cela inclut les sujets suivants, sans y être
limité :
- combinatoire des mots et applications
- algorithmes du texte
- structures d'indexation
- analyse des données de séquençage
haut-débit (SHD, NGS)
- recherche, découverte et analyse de motifs
- mots sturmiens et leurs généralisations
- structures abéliennes dans les mots
- statistique des mots
- méthodes de génomique comparative
- outils d'analyse des répétitions génomiques
- cartographie et annotation des génomes
- haplotypes et polymorphismes
- approches ab initio
Programme:
Lundi 10 Janvier:
* 10h : accueil
* 10h30-12h00:
o Guillaume Blin, Romeo Rizzi, Florian Sikora and Stephane Vialette Minimum Mosaic Inference of a Set of Recombinants
o Laurent Bulteau, Guillaume Fertin and Irena Rusu Sorting by Transpositions is Difficult
o Guillaume Fertin, Hafedh Mohamed Babou and Irena Rusu LPDAG: Longest Path in a DAG with outlier graph
* 12h00-14h00: repas
* 14h00-15h30:
o Dominique Lavenier and Nicolas Maillet Read Corrector
o Nicolas Philippe, Mikael Salson, Thierry Lecroq, Martine Léonard, Therese Commes and Eric Rivals A solution to index large set of short reads
o Gabriele Fici, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre and Elise Prieur-Gaston Computing Abelian Periods in Words
* 15h30-16h: Pause
* 16h-17h:
o Alban Mancheron, Raluca Uricaru and Eric Rivals A Novel Approach for Comparative Genomics & Annotation Transfer
o Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti and Marie-France Sagot Identifier des éléments biologiques dans les reads sans assemblage ni génome de référence
* 17h-18h: session ouverte
* 18h00: apéro
Mardi 11 Janvier:
* 9h30 : accueil
* 9h30-10h30:
o Fivos Maniatakos and Carlos Agon Indexing of music sequences: from Factor Oracles to Multi Factor Graphs
o Julien Allali, Cedric Chauve, Pascal Ferraro and Anne-Laure Gaillard Efficient chaining of seeds in ordered trees
* 10h30-11h00: pause
* 11h00-12h00:
o Gregory Kucherov, Tamar Pinhas, Michal Ziv-Ukelson Regular Language Constrained Sequence Alignment Revisited
o Djamal Belazzougui Worst case efficient single and multiple string matching in the RAM model
* 12h00-14h: repas
* 14h-15h30:
o Rafael Carrascosa, François Coste, Matthias Gallé, Gabriel Infante-Lopez A la recherche de la plus petite grammaire générant une séquence et application à l'ADN
o Omar AitMous, Frédérique Bassino and Cyril Nicaud Listes creuses - plus d’espace que de temps
o Julien Clément, Frédérique Bassino and Pierre Nicodème Counting occurrences for a finite set of words: combinatorial methods
* 15h30: pause
* 16h00: fin des journées.
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