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Jeudi 02 février 2012 - Noël Malod-Dognin (ABS, INRIA Sophia Antipolis) |
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Written by Pierre PETERLONGO
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Caracterisation de la morphologie des patchs de liaisons
protéiques
10h30 Salle Aurigny
Comprendre la spécificité
des interactions protéiques est une question centrale en
biologie structurale, d'où l'importance de modèles pour les
patchs de liaisons protéiques - un patch étant l'ensemble des
atomes d'un partenaire donné qui participent à l'interaction.
Pour améliorer notre compréhension de la relation entre les
structures des patchs de liaisons protéiques et les fonctions
biologiques des complexes, nous présentons un modèle de patchs
qui découple les propriétés topologiques et géométriques. Tandis
que la géométrie est encodée de manière classique par les
coordonnées 3D des atomes, la topologie est enregistrée dans un
graphe encodant les positions relatives de couches concentriques
qui partitionnent les atomes de l'interface. La dualité entre la
topologie et la géométrie est la base d'un algorithme de
comparaison de patchs, reposant sur une programmation dynamique
générique qui est instanciée pour favoriser soit une comparaison
topologique, soit une comparaison géométrique. Du point de vue
biologique, en utilisant une base de donnée de 92 structures de
complexe co-cristallisés organisés en sous-familles biologiques,
nous exploitons notre encodage et nos algorithmes de
comparaisons dans deux directions. Premièrement, nous montrons
que la nature utilise les degrés de libertés topologiques et
géométriques indépendamment, tout en ne conservant qu'un
ensemble fini de signatures topologiques qualitativement
distinctes, et nous montrons que la similarité topologique est
une notion moins stricte que la similarité géométrique
habituellement utilisée. Deuxièmement, nous analysons la
cohérence topologique et géométrique des patchs de liaisons à
l'intérieur des sous-familles et sur la base de donnée complète,
et nous montrons que les complexes impliqués dans les mêmes
fonctions biologiques possèdent des formes géométriquement
distinctes. Les travaux précédents sur les patchs de liaisons
protéiques se concentraient d'une part sur la recherche de
corrélations entre des paramètres structuraux et des propriétés
biochimiques, et d'autre part sur des algorithmes de
comparaisons structurales. Nous croyons que l'abstraction codée
par la topologie et la géométrie ouvre la voie vers de nouvelles
classifications, en particulier dans le contexte de l'amarrage
(docking) flexible.
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