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Jeudi 01 mars 2012 - Christian Diot (INRA, Rennes) Print
Written by Pierre PETERLONGO   

DLiverS : Duck Liver RNA-Sequencing

10h30 Salle Aurigny
Le projet DLiverS (Duck Liver RNA-Sequencing), financé dans le cadre de l’AIP Bioressources INRA 2011, vise à séquencer des ARN de foies de canards Pékin et de Barbarie et de leurs hybrides réciproques, mulard et Hinny. Il comporte deux objectifs majeurs : 1) analyser les transcriptomes hépatiques de ces canards, nourris ad libitum ou gavés, afin de mettre en évidence les gènes présentant des différences d’expression entre génotypes et/ou entre statuts nutritionnels et ainsi mieux comprendre les mécanismes impliqués dans le développement de la stéatose hépatique et la qualité du foie gras et 2) identifier l’origine parentale (Pékin ou Barbarie) des ARN exprimés chez les mulards et Hinnys. Ces hybrides réciproques représentent en effet d’excellents modèles pour l’étude des mécanismes épigénétiques sous-tendant les effets d’hétérosis observés notamment dans la production de foie gras. Comme ces mécanismes pourraient impliquer des phénomènes d’empreinte parentale chez les mammifères et sachant que l’existence de tels phénomènes chez les oiseaux est controversée, étudier l’origine parentale des gènes exprimés chez les hybrides devrait apporter de nouveaux éclairages sur la compréhension de ces mécanismes.
Les analyses de transcriptomes, réalisées par RNA-Seq en Hiseq 2000 (Illumina) à la plateforme Génome et Transcriptome - PlaGe de la Génopole Toulousaine (http://get.genotoul.fr), sont en cours.
Un catalogue des transcrits et variants d'épissage hépatiques, leur nombre et leurs polymorphismes seront ainsi identifiés ce qui devraient donc permettre de définir aussi leur origine parentale. Les travaux concernant l’assemblage, l’annotation et l’analyse des SNP des séquences seront réalisés par l’équipe bioinformatique Sigenae (http://www.sigenae.org/). Les analyses de SNP impliqueront plus particulièrement le LGC, fort de l’expérience acquise sur une problématique similaire dans le cadre du projet EpiBird. Ces analyses feront aussi appel aux compétences de Pierre Peterlongo (Inria, Rennes). Enfin, l’analyse quantitative des données de séquences, objet premier du projet, concernera GARen, le LGC et la SAGA.
Au final ce projet devrait donc améliorer la connaissance des gènes impliqués dans le développement de la stéatose hépatique du canard mulard et préciser les origines parentales de ces gènes. Enfin, sachant l’importance de la stéatose hépatique dans les syndromes métaboliques chez l’homme, il n’est donc pas exclu que les résultats obtenus ici puissent trouver d’autres applications en santé humaine.
 
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