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Nouveau (25/01/2011): Transparents des présentations

Workshop Algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique
Rennes, 10 et 11 janvier 2011


1 Programme

Lundi 10 Janvier:
Mardi 11 Janvier:

2 Présentation et soumissions retenues

Les 10 et 11 janvier 2011 se tiendront à Rennes les journées "Algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique", organisées conjointement par l'axe "analyse de séquence" du GDR Bio-Informatique Moléculaire (3003) et le groupe de travail COMATEGE du GDR Informatique Mathématique.

Ce workshop francophone est axé sur la combinatoire des mots et l'algorithmique du texte. Les travaux présentés peuvent être fondamentaux, et/ou avec des applications à l'analyse bio-informatique des séquences biologiques. Cela inclut les sujets suivants, sans y être limité :
Liste des soumissions retenues

1     Guillaume Blin, Romeo Rizzi, Florian Sikora and Stephane Vialette     Minimum Mosaic Inference of a Set of Recombinants
2     Gregory Kucherov, Tamar Pinhas, Michal Ziv-Ukelson     Regular Language Constrained Sequence Alignment Revisited
3    
Julien Clément, Frédérique Bassino and Pierre Nicodème     Counting occurrences for a finite set of words: combinatorial methods
4    
Laurent Bulteau, Guillaume Fertin and Irena Rusu     Sorting by Transpositions is Difficult
5    
Djamal Belazzougui     Worst case efficient single and multiple string matching in the RAM model
6    
Nicolas Philippe, Mikael Salson, Thierry Lecroq, Martine Léonard, Therese Commes and Eric Rivals     A solution to index large set of short reads
7    
Alban Mancheron, Raluca Uricaru and Eric Rivals     A Novel Approach for Comparative Genomics & Annotation Transfer            
8    
Fivos Maniatakos and Carlos Agon     Indexing of music sequences: from Factor Oracles to Multi Factor Graphs            
9    
Gabriele Fici, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre and Elise Prieur-Gaston     Computing Abelian Periods in Words            
10    
Dominique Lavenier and Nicolas Maillet     Read Corrector            
11    
Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti and Marie-France Sagot     Identifier des éléments biologiques dans les reads sans assemblage ni génome de référence.            
12    
François Coste     A la recherche de la plus petite grammaire générant une séquence et application à l'ADN            
13    
Omar AitMous, Frédérique Bassino and Cyril Nicaud     Listes creuses - plus d’espace que de temps            
14    
Guillaume Fertin, Hafedh Mohamed Babou and Irena Rusu     LPDAG: Longest Path in a DAG with outlier graph            
15    
Julien Allali, Cedric Chauve, Pascal Ferraro and Anne-Laure Gaillard     Efficient chaining of seeds in ordered trees

D'autre part, le workshop inclura une session de problèmes ouverts. N'hésitez pas à venir y présenter les sujets qui vous tiennent à coeur.

3 Dates à retenir

4 Comité d'organisation


5 Instruction pour les résumés

Les soumissions se font via easychair

  6 Historique

Cette réunion, la onzième du genre, fait suite notamment aux rencontres suivantes :

  7 Inscription

Les inscriptions sont closes.

  8 Lieu - et hébergement.

Rennes - IRISA/INRIA - Campus de Beaulieu.

Salle Métivier. Un fléchage vous indiquera la salle à partir de l'accueil.

Comment venir:


Liste d'hotels

  9 Partenariat

Ces journées sont soutenues par le groupe de recherche CNRS 3003 bioinformatique moléculaire (http://www.gdr-bim.u-psud.fr/) et par le groupe de recherche informatique mathématique (http://www.gdr-im.fr/)

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