SebastienTempel

stempel[at]irisa.fr IRISA, bureau A113 Campus de Beaulieu 35042 Rennes Cedex 02 99 84 73 23 Doctorant 3ème année - 3rd year PhD student Projet Encadrement : Symbiose, IRISA et UMR6553 EcoBio, Université Rennes 1 Sujet de thèse : Systématisation de l'analyse d'un nouvel élément transposable à l'échelle de génomes d'espèces modèles, études des liens phylogénétiques avec d'autres éléments transposables. (these.pdf)            Sous la direction de Jacques Nicolas, Abdelhack El Amrani et Ivan Couée

Recherche / Research

Publications écrites

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• ARTICLES
• J. Nicolas*, P. Durand, G. Ranchy, S. Tempel and A. Valin. 2005. Suffix-Tree ANalyser (STAN) : looking for nucleotidic and peptidic patterns in genomes. Bioinformatics 21: 4408-4410.
• Tempel S. Lerman I.C. Giraud M. Valin A.S. Couée I. El Amrani A. Nicolas J. 2006. Domain Organization within repeated DNA sequences: Application to the study of a new family of transposable elements in Arabidopsis thaliana. Bioinformatics, in press. (http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/reprint/btl337v1)
  
• POSTERS
  
• Schausi D., Vallet-Erdtmann V., Tiffoche C., Tilly G., Guerrois M., Jégou B., Thieulant ML, Nicolas J and Tempel S. Regulation Of An Intronic Promoter Of Rat Estrogen Receptor Alpha Gene. Targeting Of Promoter To The Pituitary In Transgenic Mice. Conférence Découverte des génomes et expression des gènes, Paris mai 2003 (Poster)
• Tempel S. Giraud M. Lerman I.C. El Amrani A. Nicolas J. Domain Organization within repeated DNA sequences: Application to the study of a new family of transposable elements in Arabidopsis thaliana. JOBIM 2005

• Tempel S, Couée I, El Amrani A and Nicolas  J. Etude de l’évolution d’éléments génétiques mobiles : application à la découverte de superfamilles d’hélitrons chez A. thaliana.  JOBIM 2006.

Présentations en 2006 / 2006 Talks

• XIV ème Colloque Eléments Transposables - Clermont-Ferrand 3 au 5 juillet
• Séminaire : Les éléments transposables et leur application en bioinformatique - Toulouse 16 mai
  
• 1st International Conference/Workshop Genomic Impact of Eukaryotic Transposable Elements - Asilomar Californie 31 mars au 4 avril
  

Présentations en 2005 / 2005 Talks

• Séminaire européen : Dynamique des génomes, modularité des éléments transposables - Orsay 15 décembre
  
• Séminaire : Organisation en module des éléments répétés - Bordeaux 27 septembre
  
• XIII ème Colloque Eléments Transposables - Orsay 4 au 6 juillet

Présentations en 2004 / 2004 Talks

• XII ème Colloque Eléments Transposables - Tours 5 au 7 juillet

Soumissions / Submissions

• Tempel S. Lerman I.C. Couée I. Nicolas J. El Amrani A. Domain Organisation in AtREP3.
  
• Tempel S. Lerman I.C. Couée I. Nicolas J. El Amrani A. The combinatorics of helitron termini in A. thaliana genome revealed strongly structured superfamilies.

Enseignement / Teaching activities

2005-2006 (Dernière année de monitorat)

• Master 1 Biologie, Bioinfo, Biochimie: Outils et Méthodes pour la BioInformatique
• Master 1 Bioinformatique : Algorithmique des séquences
  
• Licence 1 Biologie : Outils de bureautique
• Licence 2 Biologie : Outils de bureautique, encadrement de projet informatique

2004-2005 (Seconde année de monitorat)

• Master 1 Biologie, Bioinfo, Biochimie: Outils et Méthodes pour la BioInformatique
• IUP 1 Biologie: Outils de bureautique et présentation orale
• Licence 1 Biologie : Outils de bureautique
• Licence 2 Biologie : Outils de bureautique, encadrement de projet informatique

2003-2004 (Première année de monitorat)

• Master 1 Biologie, Bioinfo, Biochimie: Outils et Méthodes pour la BioInformatique
• IUP 1 Biologie: Outils de bureautique et présentation orale
• Licence 3 Biologie: Programmation HTML
• Licence 2 Biologie : Outils de bureautique, encadrement de projet informatique

Encadrement Stagiaire / Former Students

2004-2005

• Damien Paulet, Master 1 BioInfo Rennes, Recherche Systématique de nouvelles familles d'éléments transposables non autonomes dans le génome d'Arabidopsis thaliana
• Rawad Nicolas, Amélioration et optimisation d'une interface graphique pour le logiciel STAN

Cursus / Positions and education

Précédentes expériences en recherche

• Janvier à Juin 2003 : Stage DEA : Etude d'un nouvel élément transposable : AtATE. Maître de stage : Abdelhak El Amrani
• Juillet 2000 : Développement d'un logiciel en langage C de traitement automatique de résultats de recherche de similarité dans les bases de données (à partir des fichiers BLAST)
• Novembre 2000 à Juin 2001 : Effets des bactéries endosymbiotiques Wolbachia sur la reproduction de leur hôte : études des phénomènes d'incompatibilité cytoplasmique. Maître de stage : Frédérique Fleury

Formation initiale

• 2002-2003 : DEA génomique et informatique, Université Rennes 1, mention Bien, major promotion
• 2001-2002 : Licence d'informatique, Université Blaise Pascal Clermont I (validation de modules)
• 2000-2001 : Maîtrise de biologie option génétique cellulaire et moléculaire, Université Claude Bernard Lyon I, mention Passable (33ème sur 80)
• 1999-2000 : Licence de biologie option génétique, Université Claude Bernard Lyon I, mention passable
• 1997-1999 : DEUG Science de la Vie et de la Terre, Université Blaise Pascal Clermont I, mention passable
• Juin 1997 : Baccalauréat STL, lycée Sidoine Apollinaire Clermont-Ferrand, mention Assez Bien