Patrick Durand

Modélisation des séquences génomiques (2003-aujourd'hui).

De nombreuses études in silico ont montré que les séquences répétées jouent des rôles majeurs dans la structure, la fonction, la dynamique et l'évolution des génomes tant chez les archées, les bactéries que chez les eucaryotes. Au sein de l'équipe Symbiose, nous nous intéressons à l'étude de méthodes permettant d'identifier, de visualiser et de modéliser les séquences répétées caractéristiques des génomes.
• Concernant les deux premiers points, nous proposons une nouvelle méthode de visualisation des répétitions permettant d'abstraire leur organisation le long d'un génome, ou entre plusieurs génomes.
• Concernant le troisième point, nous nous intéressons à la modélisation par grammaire logique (de type grammaire à variable de chaîne) des structures des séquences génomiques. Dans ce contexte, nous avons trois objectifs.
• proposer un langage capable de modéliser les structures complexes observées dans les génomes.
• rendre ces modèles opérationnels, c'est-à-dire proposer un analyseur syntaxique capable de filtrer le contenu des grandes banques de séquences au moyen de ces modèles formels.
• proposer à la communauté, tant les biologistes que les informaticiens impliqués dans l'analyse des séquences génomiques, un environnement de programmation graphique pour la construction et la recherche de modèles formels dans les banques de données.
Des informations complémentaires sont disponisbles sur le rapport d'activité de l'équipe: fondement scientifique, analyse linguistique et visualisation des séquences génomiques et recherche de motifs.

Autres (1994-2003).

Avant de rejoindre l'équipe Symbiose, j'ai travaillé sur des projets de recherche portant de manière générale sur l'étude des données associées à la génomique et à la protéomique. Au cours de ma carrière professionnelle, j'ai abordé successivement l'analyse des génomes (1994-1995: séquençage du génome de la levure Saccharomyces cerevisiae ; 1999-2000: nouveaux outils de visualisation de séquences génomiques ; 2000-2003: étude de la structure de génomes bactériens), des protéines (1995-1998: étude des relations structure/fonction de protéines humaines impliquées dans des maladies lysosomales) et des interactions entre protéines (2000-2003: nouvelle méthode d'analyse de données biologiques hétérogènes reposant sur la théorie des graphes, application à la recherche de protéines d'intérêt pharmaceutique). Mes travaux s'étendent sur une dizaine d'années, dont 3 consacrées à ma thèse de doctorat. J'ai travaillé en Belgique, en France et aux Etats-Unis (cf. ci-dessous), dans des laboratoires et instituts de recherche publics et dans l'industrie pharmaceutique et biotechnologique (voir ci-dessous Expériences professionnelles, Etudes).

Travail collaboratif

• ACGT - Advancing Clinico-Genomic Clinical Trials on Cancer. Coordinateurs: Rémi Ronchaud, ERCIM et Manolis Tsiknakis, ICS-FORTH. Période: 2006-2010. Equipes: ACGT est un projet intégré européen (FP6, Information Society Technology) regroupant 25 partenaires européens et japonnais. Détails du projet.
• ANR - Masses de données. "Modulome: deciphering and modelling the structural organization of genomes". Coordinateur: Jacques Nicolas. Période: 2006-2008. Equipes: INRIA bioinformatics project Symbiose (Rennes), Laboratoire d'Etude des Parasites Génétiques (LEPG, Tours), Laboratoire de Microbiologie des Environnements Extrêmes (LM2E, Brest) et Laboratoire Dynamique du Génome et Evolution, Institut Jacques Monod (LDGE, Paris).
• ARC INRIA. "Integrated Biological Networks". Coordinatrice: Marie-France Sagot. Période: 2005-2006. Détails du projet.

2006

• Durand P, Labarre L, Meil A, Divol J-L, Vandenbrouck Y, Viari A and Wojcik J. GenoLink: a graph-based querying and browsing system for investigating the function of genes and proteins. BMC Bioinformatics. 7(21). (link).
2005

• Durand P, Lavenier D, Leborgne M, Siegel A, Veber P and Nicolas J. Applying complex models on genomic data. ERCIM News. 60:47-78. (link).
• Durand P, Labarre L, Meil A and Wojcik J. GenoLink: discovering drug target proteins by exploring networks of heterogeneous biological data. ERCIM News. 60:31-32. (link).
• Meil A, Durand P and Wojcik J. PIMWalker: visualizing protein interaction networks using the HUPO PSI Molecular Interaction Format. Applied Bioinformatics. 4(2):137-139. (link).
• Nicolas J, Durand P, Ranchy G, Tempel S and Valin AS. Suffix-Tree ANalyser (STAN): looking for nucleotidic and peptidic patterns in chromosomes. Bioinformatics. 21(24):4408-10. (link).
• Durand P, Mahé F, Valin A-S and Nicolas J. Pyramid diagram: visualizing the organization of repetitive sequences in genome. INRIA Research Report. no. RR-5798. (link).
2003

• Durand P, Medigue C, Morgat A, Vandenbrouck Y, Viari A, Rechenmann F. Integration of data and methods for genome analysis. Curr Opin Drug Discov Devel. 6(3):346-52 (Review). (link).
2002

• Fabrega S, Durand P, Mornon JP, Lehn P. Site actif de la beta-glucocerebrosidase humaine: prédiction structurale et validation expérimentale. J. Soc. Biol. 196(2):151-60 (Review).
2001

• Brooks DA, Fabrega S, Hein LK, Parkinson EJ, Durand P, Yogalingam G, Matte U, Giugliani R, Dasvarma A, Eslahpazire J, Henrissat B, Mornon JP, Hopwood JJ, Lehn P. Glycosidase active site mutations in human alpha-L-iduronidase. Glycobiology. 11(9):741-50. (link).
2000

• Fabrega S, Durand P, Codogno P, Bauvy C, Delomenie C, Henrissat B, Martin BM, McKinney C, Ginns EI, Mornon JP, Lehn P. Human glucocerebrosidase: heterologous expression of active site mutants in murine null cells. Glycobiology. 10(11):1217-24. (link).
• Durand P, Fabrega S, Henrissat B, Mornon JP, Lehn P. Structural features of normal and mutant lysosomal glycoside hydrolases deduced from bioinformatics analysis. Human Molecular Genetics. 9(6):967-77 (Review). (link).
1998

• Calmels T, Callebaut I, Léger I, Durand P, Bril A, Mornon JP, Souchet M. Sequence and 3D structural relationships between mammalian Ras and Rho specific GTPase-activating proteins (GAP) : the cradle fold. FEBS lett. 426(2):205-211.
• Mornon JP, Halaby D, Malfois M, Durand P, Callebaut I and Tardieu A. a-Crystallin C-terminal domain : on the track of an Ig fold. Int. J. Biol. Macromol. 22(3-4):219-27.
1997

• Callebaut I, Labesse G, Durand P, Poupon A, Canard L, Chomilier J, Henrissat B and Mornon JP. Deciphering protein sequence information through Hydrophobic Cluster Analysis (HCA) : current status and perspectives. Cell. mol. life sci. 53:621-645 (Review).
• Dujon B, ... , Durand P, ... , Kleine K. The complete nucleotide sequence of yeast chromosome XV. Nature. 387(suppl.):98-102. (link).
• Durand P, Lehn P, Callebaut I, Fabrega S, Henrissat B and Mornon JP. Active-site motifs of lysosomal acid hydrolases: invariant features of Clan GH-A glycosyl hydrolases deduced from Hydrophobic Cluster Analysis. Glycobiology. 7(2):277-284. (link).
• Durand P, Canard L and Mornon JP. Visual BLAST and Visual FASTA : graphic workbenches for interactive analysis of full BLAST and FASTA outputs under Microsoft Windows 95/NT. Comput. Appl. Biosci. 13(4):407-413. (link).
• Tettelin H, ... , Durand P, ... , Kleine K. The nucleotide sequence of Saccharomyces cerevisiae chromosome VII. Nature. 387(suppl.):81-84. (link).
1996

• Galibert F, ... , Durand P, ... , Karpfinger-Hartl L. Complete nucleotide sequence of Saccharomyces cerevisiae chromosome X. EMBO J. 15:2031-2049. (link).
1995

• Vandenbol M, Durand P, Dion C, Portetelle D, Hilger F. Sequence of a 17.1 kb DNA fragment from chromosome X of Saccharomyces cerevisiae includes the mitochondrial ribosomal protein L8. Yeast. 11:57-60. (link).
• Vandenbol M, Durand P, Portetelle D, Hilger F. Sequence analysis of a 44 kb DNA fragment of yeast chromosome XV including the Tyl-H3 retrotransposon, the suf1(+) frameshift suppressor gene for tRNA-Gly, the yeast transfer RNA-Thr-1a and a delta element. Yeast. 11:1069-1075. (link).
• Vandenbol M, Durand P, Portetelle D, Hilger F. The sequence of an 11.1 kb DNA fragment between ADH4 and ADE5 on the left arm of chromosome VII reveals the presence of eight open reading frames. Yeast. 11:1519-1523. (link).
1994

• Vandenbol M, Durand P, Bolle PA, Dion C, Portetelle D, Hilger F. Sequence analysis of a 40.2 kb DNA fragment located near the left telomere of yeast chromosome X. Yeast. 10:1657-1662. (link).

Résumés.

Suivez ce lien pour obtenir un résumé des articles disponibles sur Pubmed.

2005

• Durand P, Mahé F, Giraud M, Valin A-S and Nicolas J. Pyramid diagram: detecting and visualizing the organization of repetitive sequences in genomes. Journées MATHStic - Algorithmique génomique, Orsay (France), 24-25 novembre 2005.
• Labarre, L., Vallenet D., Boyer F., Morgat A., Viari A., Durand P., et Médigue C. Syntonizer : Un outil pour l'exploration des synténies bactériennes. JOBIM, Lyon (France), July 6-8, 2005.
2003

• Durand P. GenoLink: un système de représentation et d'exploration de données biologiques hétérogènes. Séminaire Symbiose, IRISA-INRIA, Rennes (France), 24 octobre 2003.
• Durand P, Labarre L, Meil A, Divol JL, Schachter V, Médigue C, Bruley C, Vandenbrouck Y, Viari A, Rechenmann F and Wojcik J. GenoLink: an exploratory software for functional annotation of genomes. ECCB, Paris (France), September 27-30, 2003.
• Durand P. Analyse bioinformatique des cartes d'interactions protéine-protéine. Séminaire INSERM-U458, Hôpital Robert Debré, Paris (France), 30 janvier 2003.
2002

• Durand P. Intégration de données génomiques et fonctionnelle avec des cartes d'interactions protéine-protéine. Atelier de formation INSERM no. 138, La Londe Les Maures (France), 11-13 septembre 2002.
• Durand P, Labarre L, Meil A, Divol JL, Schachter V, Médigue C, Bruley C, Vandenbrouck Y, Viari A, Rechenmann F and Wojcik J. The GenoLink module: an Exploratory Software for Functional Annotation of Genomes. ISMB, Edmonton (Canada), August 3-7, 2002.
• Durand P, Labarre L, Meil A, Divol JL, Schachter V, Médigue C, Bruley C, Vandenbrouck Y, Viari A, Rechenmann F and Wojcik J. GenoLink: an exploratory software for functional annotation of genomes. JOBIM, Saint-Malo (France), June 10-12, 2002.
2001

• Labarre L, Vallenet D, Pascal G, Durand P and Médigue C. Exploring bacterial synteny using graph modelling. 5th Computational Genomics Conference (TIGR), Baltimore MD (USA), Nov.28-Dec.1, 2001.
1998

• Durand P and Mornon JP. Octopus : a software for interactive analysis of full BLAST, BLAST 2 and FASTA results. Seminar at the National Center for Biotechnology Information (NCBI, NLM, NIH), Bethesda, MD (USA), May 6, 1998.
• Durand P and Mornon JP. Octopus : a software for interactive analysis of full BLAST, BLAST 2 and FASTA results. 12th Annual International Symposium on High Performance Computing Systems and Applications, Edmonton (Canada), May 20-22, 1998.
• Durand P, Fabrega S, Eslahpazire J, Callebaut I, Henrissat B, Lehn P and Mornon JP. Modélisation moléculaire et relations structure/fonctions de glycosyl-hydrolases lysosomales. Deuxième Congrès Scientifique de l'Association Vaincre les Maladies Lysosomales, Dijon (France), 22-24 janvier 1998.
1997

• Durand P. Analyses de séquences protéiques et prédictions structurales ; applications à des enzymes lysosomales. Séminaire INSERM - Hôpital Robert Debré, Paris (France), 12 juin 1997.
• Durand P. Analyse interactive des résultats de BLAST et FASTA. Xèmes Journées du Groupe Graphique Moléculaire, Dourdan (France), 21-23 mai 1997.
1994

• Vandenbol M, Durand P, Bolle PA, Dion C, Portetelle D, Hilger F. Sequencing of the cos148 and cos1 fragments of chromosome X and the EOA417 fragment of chromosome XV of S. cerevisiae. EU Yeast Genome Sequencing Consortium Meeting, Manchester (UK), Feb 26-Mar 1, 1994.
• Vandenbol M, Durand P, Bolle P., Dion C, Portetelle D, Hilger F. Sequence analysis of a 40.2 kb DNA fragment from chromosome X of S. cerevisiae. 156e réunion de la Société Belge de Biochimie et de Biologie Moléculaire, Rhode-St-Genèse (Belgique), 12 mars 1994.

1998

• Durand P. Développements bioinformatiques en analyse de séquences : application à l'étude structurale et fonctionnelle d'enzymes à l'origine de maladies lysosomales. Thèse de doctorat de l'Université Paris VI (Paris, France). 174p.
1993

• Durand P. Caractérisation de nouvelles ORFs situées sur le chomosome XI de la levure Saccharomyces cerevisiae. Travail de fin d'études, Faculté des Sciences Agronomiques (Gembloux, Belgique). 82p.

Logiciels

Les travaux évoqués ci-dessus m'ont amené à concevoir et développer quelques logiciels de bioinformatiques. Suivez ce lien pour avoir plus d'informations.

Expériences professionnelles

• Depuis octobre 2003: ingénieur spécialiste au sein de l'équipe Symbiose.
• 12/2000-10/2003: chef de projet, département de bioinformatique, Hybrigenics SA - Consortium Genostar.
• 01/1999-04/2000: post-doctorat au National Center for Biotechnology Information, National Institues of Health (Bethesda, MD, USA).
• 08/1998-11/1998: post-doctorat au sein du département Anti-Bactérien/Génomique, Aventis (Vitry, France).
• 01/1994-06/1995: ingénieur de recherche, Laboratoire de Microbiologie de la Faculté des Sciences Agronomiques (Gembloux, Belgique).

Etudes

• 07/1995-06/1998: thèse de doctorat en biophysique moléculaire au Laboratoire de Minéralogie-Cristallographie, Univeristés Paris 6/7 - CNRS. Directeur de thèse: Dr. Jean-Paul Mornon.
  Sujet: études structurale et fonctionnelle d'enzymes impliquées dans des maladies lysosomales.
  
  
• 1988-1993 : Etudes d'ingénieur agronome, spécialité "chimie et industries agro-alimentaires". Faculté des Sciences Agronomiques (Gembloux, Belgique).

Divers

korilog.com : mon site web personnel.