Aymeric Antoine-Lorquin

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Ph.D Student, INRIA/IRISA Rennes


Dyliss team, Irisa / Inria Rennes-Bretagne Atlantique,
Campus de Beaulieu, 35042 Rennes Cedex, France.
Tel: +33 (0) 2 99 84 73 18
Fax: +33 (0) 2 99 84 71 71
Email: aymeric.antoine-lorquin.at.irisa.fr


Research


  • Ph.D Thesis (2013 - present)  Modèles grammaticaux au service de l’identification de marqueurs de régulation génétique dans les séquences biologiques

Supervisor : Catherinne Belleannée

  • ANR Fatinteger: Orthocis, a  browser of genomic cis-regulatory elements using orthology for any number of species
  • Collaboration with University of Kaiserslautern: Detection of mutated primers and impact on targeted metagenomics results

Publications


  • Communication JOBIM2015: Comparaison des cibles d’une matrice de score et d’une expression régulière. Application à la recherche de sites de fixation du facteur de transcription LXR (https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01197050)

Posters


  • 2016-01-28, EMBL symposia "A New Age of Discovery for Aquatic Microeukaryotes", Heidelberg, Allemagne. Logol: a Swiss army knife for the pattern matching
  • 2015-06-08, Séminaire DKM, Lannion, France. Comparaison entre deux méthodes de pattern matching : matrice de score et expression régulière approchée

Teaching


  • Master: Principes de programmation et d’algorithmique, 32h, M1 BioInformatique et génomique
  • Master: Bases de mathématiques, probabilités et statistiques, 32h, M1 Master STS - Mention Santé publique

Supervising


  • 2015, Stage M1, David Picard-Druet, Découverte de motifs et pattern matching au service de la mise au point d’une signature du site de polyadénylation dans le génome de la levure
  • 2014, Stage M1, Léa Fléchon, Identification in silico du site de fixation à l’ARN de la protéine PTBP1 par l’outil RSAT via des données CLIP-Seq publiques
  • 2013, Stage M2, Malo Le Boulch, Création d’une base de données dédiée à des bactéries marines: Orthocya

Scientific popularization


Sciences en cour[t]s : "Une rencontre percutante"