Algorithme d'Alignement sans gap

• dû à Karlin et Altschul (proc. Nat. Acad. Sci. USA. 87, 1990)

• Objectif :
  modèle aléatoire (chance) <--> déterminisme biologique

• Principe :
  • E = K . N . exp (-LAMBDA . S)

  • E = fréquence attendue par chance d'un alignement ayant un score S

  • K et LAMBDA sont des constantes déterminées par Karlin et Altschul

  • N = produit de la taille de la banque par la taille de la séquence test