Exploration des Banques de Séquences Biologiques

Exploration des Banques de Séquences Biologiques

Cours Maitrise Biochimie 1999

module 1 : Introduction & Alignements

INTRODUCTION

L'exploration des banques
La comparaison de séquences
Trois grands problèmes
Le choix des programmes et des paramètres
- Programmes
- Paramètres
Le temps de calcul
L'interprétation des résultats
- Confiance dans les résultats
- Sélectivité & Sensibilité
En conclusion...

ALIGNEMENT

Qu'est ce qu'un alignement ?
Alignement avec ou sans gap (1)
Alignement avec ou sans gap (2)
Alignement global ou local
Mesure d'une distance
Distance vs Similarité
Coût des Gaps
Coût des Substitutions
Matrices de Substitution
Exemples de matrices
- hydrophobicité
- PAM
Exercices

module 2 : Méthodes d'alignement

Quelques rappels

Méthode d'alignement SANS GAP

Introduction
Principe (1)
Principe (2)
Algorithme
Exercice * Correction
Mémorisation du Maximum
Heuristique - ADN (1)
Heuristique - ADN (2)
Heuristique - proteine
Exemple
Estimation des résultats
- rappel : Sélectivité et Sensibilité
- modèle statistique

Méthode d'alignement AVEC GAPS

module 3 : Blast, Fasta, Ssearch

BLAST 1.4

Généralités
Les 3 étapes de calcul
- rappel : heuristique
Format des données
Paramètres Importants
Usage
Influence des Paramètres
Modèle Statistique
Analyse des résultats : 1, 2, 3, 4

BLAST 2

FASTA

SSEARCH

Introduction
Format des données
Usage
Analyse des résultats : 1, 2, 3