Algorithme d'Alignement avec gap

• S1 = ACCGTGCCACAT

  S2 = GGACGTACCAGCG

• GAP = 3

  SUB(x,x) = 2 / SUB(x,y)=-1

              1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12

              A  C  C  G  T  G  C  C  A  C  A  T

          0   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0            

    1  G  0
    2  G  0
    3  A  0
    4  C  0
    5  G  0
    6  T  0
    7  A  0
    8  C  0
    9  C  0
   10  A  0
   11  G  0
   12  C  0
   13  G  0