Algorithme d'Alignement avec gap

• S1 = ACCGTGCCACAT

  S2 = AGACGTACCAGCG

• GAP = 3

  SUB(x,x) = 2 / SUB(x,y) = -1

              1   2   3   4   5   6   7   8   9  10  11  12

              A   C   C   G   T   G   C   C   A   C   A   T

          0  -3  -6  -9 -12 -15 -18 -21 -24 -27 -30 -33 -36

   1  A  -3
   2  G  -6
   3  A  -9
   4  C -12
   5  G -15
   6  T -18
   7  A -21
   8  C -24
   9  C -27
  10  A -30
  11  G -33
  12  C -36
  13  G -39