Alignement

• 2 séquences :

  séquence 1 : A G C A C T C A
  séquence 2 : A C A C A C T A
  

• 2 alignements possibles :

           A G C A C T C - A                A G - C A C T C A
    A1 :   |   | | | : |   |          A2 :  | :   | | | |   |
           A - C A C A C T A                A C A C A C T - A
  

• Calcul d'une distance
  

  si d(x,-)=1 et d(x,x)=0 et d(x,y)=1

           A G C A C T C - A                A G - C A C T C A
    A1 :   |   | | | : |   |          A2 :  | :   | | | |   |
           A - C A C A C T A                A C A C A C T - A
           0+1+0+0+0+1+0+1+0 = 3            0+1+1+0+0+0+0+1+0 = 3
  

  si d(x,-)=1 et d(x,x)=0 et d(T,A)=d(A,T)=2 et d(G,C)=d(C,G)=1

           A G C A C T C - A                A G - C A C T C A
    A1 :   |   | | | : |   |          A2 :  | :   | | | |   |
           A - C A C A C T A                A C A C A C T - A
           0+1+0+0+0+2+0+1+0 = 4            0+1+1+0+0+0+0+1+0 = 3