SYMBIOSE

Systèmes et modèles biologiques, bioinformatique et séquences

Contexte et objectifs

Projet de l'IRISA commun avec le CNRS, l'INSA de Rennes, l'université de Rennes 1

La problématique générale du projet Symbiose correspond au champ de la bio-informatique, c'est à dire à la modélisation des données génomiques pour assiter le biologiste moléculaire dans la formulation et la découverte de nouvelles connaissances.

Axes de recherche

Le projet s'articule autour de 3 grands axes :

• l'analyse linguistique des séquences : cet axe concerne la recherche des structures spatiales ou logiques pertinentes (i.e. fonctionnelles) dans les macro molécules. La théorie des langages sert de cadre tant d'un point de vue théorique (comparaison de mots, classe utile de langage, classe apprenable) que pratique (comment construire des analyseurs, comment inférer des langages à partir d'échantillons).
• l'analyse et l'identification de systèmes dynamiques : le but est la caractérisation qualitative des réseaux de gènes. L'approche se base sur une modélisation logique, une validation issue des techniques de l'automatisme, puis un raffinement par apprentissage automatique.
• l'architecture et le parallélisme : l'objectif est la parallélisation des traitements coûteux en génomique pour en accélérer fortement l'exécution. La mise en oeuvre vise les super calculateurs, les grilles de calcul et les architectures spécialisées.

Relations internationales et industrielles

Responsable scientifique

Jacques Nicolas
+33 2 99 84 73 12
Secrétariat +33 2 99 84 74 03

À propos de l'équipe

Site web
Rapport d'activité

Thème

Données et interaction

Les projets du même thème

Adresse

IRISA - Campus universitaire de Beaulieu - 35042 Rennes Cedex

Ce projet fait suite à

AIDA