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Publications of year 2015
Thesis
  1. Mouhamadou Ba. Composition guidée de services : application aux workflows d'analyse de données en bio-informatique. PhD thesis, Thèse de l'INSA Rennes - École doctorale MATISSE, 4 décembre 2015. Note: Supervisée par M. Ducassé et S. Ferré.
    Abstract:
    Dans les domaines scientifiques, particulièrement en bioinformatique, des services élémentaires sont composés sous forme de workflows pour effectuer des expériences d'analyse de données complexes. À cause de l'hétérogénéité des ressources, la composition de services est une tâche difficile. Les utilisateurs, en composant des workflows, manquent d'assistance pour retrouver et interconnecter les services compatibles. Les solutions existantes utilisent des services spéciaux définis de manière manuelle pour gérer les conversions de formats de données entre les entrées et sorties des services dans les workflows. Cela est pénible pour un utilisateur final. Gérer les incompatibilités des services avec des convertisseurs manuels prend du temps et est lourd. Il existe des solutions automatisées pour faciliter la composition de workflows mais elles sont généralement limitées dans le guidage et l'adaptation des données entre services. La première contribution de cette thèse propose de détecter systématiquement la convertibilité des sorties vers les entrées des services. La détection de convertibilité repose sur un système de règles basé sur une abstraction des types d'entrée et sortie des services. L'abstraction de types permet de considérer la nature et la composition des données d'entrée et sortie. Les règles permettent la décomposition et la composition ainsi que la spécialisation et la généralisation de types. Elles permettent également de générer des convertisseurs de données à utiliser entre services dans les workflows. La deuxième contribution propose une approche interactive qui permet de guider des utilisateurs à composer des workflows en fournissant des suggestions de services et de liaisons compatibles basées sur la convertibilité de types d'entrée et sortie des services. L'approche est basée sur le modèle des Systèmes d'Information Logiques (LIS) qui permettent des requêtes et une navigation guidées et sûres sur des données représentées avec une logique uniforme. Avec notre approche, la composition de workflows est sûre et complète vis-à-vis de propriétés désirées. Les résultats et les expériences, effectués sur des services et des types de données en bioinformatique, montrent la pertinence de nos approches. Nos approches offrent des mécanismes adaptés pour gérer les incompatibilités de services dans les workflows, en prenant en compte la structure composite des données d'entrée et sortie. Elles permettent également de guider, étape par étape, des utilisateurs à définir des workflows bien formés à travers des suggestions pertinentes.

    @PhdThesis{Ba2015PhD,
    author = {Mouhamadou Ba},
    title = {Composition guidée de services : application aux workflows d'analyse de données en bio-informatique},
    school = {Thèse de l'INSA Rennes - École doctorale MATISSE},
    year = {2015},
    month = {4 décembre},
    note = {Supervisée par M. Ducassé et S. Ferré},
    abstract = { Dans les domaines scientifiques, particulièrement en bioinformatique, des services élémentaires sont composés sous forme de workflows pour effectuer des expériences d'analyse de données complexes. À cause de l'hétérogénéité des ressources, la composition de services est une tâche difficile. Les utilisateurs, en composant des workflows, manquent d'assistance pour retrouver et interconnecter les services compatibles. Les solutions existantes utilisent des services spéciaux définis de manière manuelle pour gérer les conversions de formats de données entre les entrées et sorties des services dans les workflows. Cela est pénible pour un utilisateur final. Gérer les incompatibilités des services avec des convertisseurs manuels prend du temps et est lourd. Il existe des solutions automatisées pour faciliter la composition de workflows mais elles sont généralement limitées dans le guidage et l'adaptation des données entre services. La première contribution de cette thèse propose de détecter systématiquement la convertibilité des sorties vers les entrées des services. La détection de convertibilité repose sur un système de règles basé sur une abstraction des types d'entrée et sortie des services. L'abstraction de types permet de considérer la nature et la composition des données d'entrée et sortie. Les règles permettent la décomposition et la composition ainsi que la spécialisation et la généralisation de types. Elles permettent également de générer des convertisseurs de données à utiliser entre services dans les workflows. La deuxième contribution propose une approche interactive qui permet de guider des utilisateurs à composer des workflows en fournissant des suggestions de services et de liaisons compatibles basées sur la convertibilité de types d'entrée et sortie des services. L'approche est basée sur le modèle des Systèmes d'Information Logiques (LIS) qui permettent des requêtes et une navigation guidées et sûres sur des données représentées avec une logique uniforme. Avec notre approche, la composition de workflows est sûre et complète vis-à-vis de propriétés désirées. Les résultats et les expériences, effectués sur des services et des types de données en bioinformatique, montrent la pertinence de nos approches. Nos approches offrent des mécanismes adaptés pour gérer les incompatibilités de services dans les workflows, en prenant en compte la structure composite des données d'entrée et sortie. Elles permettent également de guider, étape par étape, des utilisateurs à définir des workflows bien formés à travers des suggestions pertinentes.},
    
    }
    


Articles in journal or book chapters
  1. Peggy Cellier, Thierry Charnois, Marc Plantevit, Christophe Rigotti, Bruno Crémilleux, Olivier Gandrillon, Jirì Kléma, and Jean-Luc Manguin. Sequential pattern mining for discovering gene interactions and their contextual information from biomedical texts. J. Biomedical Semantics, 6:27, 2015.
    @article{CellierCPRCGKM15,
    author = {Peggy Cellier and Thierry Charnois and Marc Plantevit and Christophe Rigotti and Bruno Cr{\'{e}}milleux and Olivier Gandrillon and Jir{\'{\i}} Kl{\'{e}}ma and Jean{-}Luc Manguin},
    title = {Sequential pattern mining for discovering gene interactions and their contextual information from biomedical texts},
    journal = {J. Biomedical Semantics},
    volume = {6},
    pages = {27},
    year = {2015} 
    }
    


Conference articles
  1. Mouhamadou Ba, Sébastien Ferré, and Mireille Ducassé. Safe Suggestions Based on Type Convertibility to Guide Workflow Composition. In F. Esposito, O. Pivert, M.-S. Hacid, Z.W. Ras, and S. Ferilli, editors, Int. Symp. Foundations of Intelligent Systems (ISMIS), LNCS 9384, 2015. Springer.
    Abstract:
    This paper proposes an interactive approach that guides users in the step-by-step composition of services by providing safe suggestions based on type convertibility. % Users specify the points of the workflow (called the focus) they want to complete, and our approach suggests services and connections whose data types are compatible with the focus. % We prove the safeness (every step produces a well-formed workflow) and the completeness (every well-formed workflow can be built) of our approach.

    @inproceedings{ba2015ISMIS,
    author = {Mouhamadou Ba and S{\'{e}}bastien Ferr{\'{e}} and Mireille Ducass{\'{e}}},
    title = {Safe Suggestions Based on Type Convertibility to Guide Workflow Composition},
    booktitle = {Int. Symp. Foundations of Intelligent Systems (ISMIS)},
    publisher = {Springer},
    series = {LNCS 9384},
    editor = {F. Esposito and O. Pivert and M.-S. Hacid and Z.W. Ras and S. Ferilli},
    year = {2015},
    abstract = { This paper proposes an interactive approach that guides users in the step-by-step composition of services by providing safe suggestions based on type convertibility. % Users specify the points of the workflow (called the focus) they want to complete, and our approach suggests services and connections whose data types are compatible with the focus. % We prove the safeness (every step produces a well-formed workflow) and the completeness (every well-formed workflow can be built) of our approach. } 
    }
    


  2. Nicolas Béchet, Peggy Cellier, Thierry Charnois, and Bruno Crémilleux. Sequence mining under multiple constraints. In Roger L. Wainwright, Juan Manuel Corchado, Alessio Bechini, and Jiman Hong, editors, ACM Symposium on Applied Computing, pages 908-914, 2015. ACM.
    @inproceedings{BechetCCC15,
    author = {Nicolas B{\'{e}}chet and Peggy Cellier and Thierry Charnois and Bruno Cr{\'{e}}milleux},
    title = {Sequence mining under multiple constraints},
    booktitle = {{ACM} Symposium on Applied Computing},
    pages = {908--914},
    year = {2015},
    editor = {Roger L. Wainwright and Juan Manuel Corchado and Alessio Bechini and Jiman Hong},
    publisher = {{ACM}} 
    }
    


  3. Soda Cissé, Olivier Ridoux, and Peggy Cellier. Représentation Symbolique de Trajectoires Géolocalisées. In Hajer Baazaoui Zghal, Christophe Claramunt, and Mohamed Ramzi Haddad, editors, Int. Conf. Spatial Analysis and GEOmatics (SAGEO), volume 1535 of CEUR Workshop Proceedings, pages 208-221, 2015. CEUR-WS.org.
    @inproceedings{CisseCR15,
    author = {Soda Cissé and Olivier Ridoux and Peggy Cellier},
    title = {Représentation Symbolique de Trajectoires Géolocalisées},
    booktitle = {Int. Conf. Spatial Analysis and GEOmatics ({SAGEO})},
    pages = {208--221},
    year = {2015},
    editor = {Hajer Baazaoui Zghal and Christophe Claramunt and Mohamed Ramzi Haddad},
    series = {{CEUR} Workshop Proceedings},
    volume = {1535},
    publisher = {CEUR-WS.org} 
    }
    


  4. Sébastien Ferré. A Proposal for Extending Formal Concept Analysis to Knowledge Graphs. In J. Baixeries, C. Sacarea, and M. Ojeda-Aciego, editors, Int. Conf. Formal Concept Analysis (ICFCA), LNCS 9113, pages 271-286, 2015. Springer. Keyword(s): formal concept analysis, knowledge graph, Semantic Web, graph pattern, relation, projection.
    Abstract:
    Knowledge graphs offer a versatile knowledge representation, and have been studied under different forms, such as conceptual graphs or Datalog databases. With the rise of the Semantic Web, more and more data are available as knowledge graphs. FCA has been successful for analyzing, mining, learning, and exploring tabular data, and our aim is to help transpose those results to graph-based data. Previous FCA approaches have already addressed relational data, hence graphs, but with various limits. We propose G-FCA as an extension of FCA where the formal context is a knowledge graph based on n-ary relationships. The main contributions is the introduction of ``n-ary concepts'', i.e. concepts whose extents are n-ary relations of objects. Their intents, ``projected graph patterns'', mix relationships of different arities, objects, and variables. In this paper, we lay first theoretical results, in particular the existence of a concept lattice for each concept arity, and the role of relational projections to connect those different lattices.

    @inproceedings{Fer2015icfca,
    author = {S{\'{e}}bastien Ferr{\'{e}}},
    title = {A Proposal for Extending Formal Concept Analysis to Knowledge Graphs},
    booktitle = {Int. Conf. Formal Concept Analysis ({ICFCA})},
    pages = {271--286},
    year = {2015},
    editor = {J. Baixeries and C. Sacarea and M. Ojeda{-}Aciego},
    series = {LNCS 9113},
    publisher = {Springer},
    keywords = {formal concept analysis, knowledge graph, Semantic Web, graph pattern, relation, projection},
    abstract = { Knowledge graphs offer a versatile knowledge representation, and have been studied under different forms, such as conceptual graphs or Datalog databases. With the rise of the Semantic Web, more and more data are available as knowledge graphs. FCA has been successful for analyzing, mining, learning, and exploring tabular data, and our aim is to help transpose those results to graph-based data. Previous FCA approaches have already addressed relational data, hence graphs, but with various limits. We propose G-FCA as an extension of FCA where the formal context is a knowledge graph based on n-ary relationships. The main contributions is the introduction of ``n-ary concepts'', i.e. concepts whose extents are n-ary relations of objects. Their intents, ``projected graph patterns'', mix relationships of different arities, objects, and variables. In this paper, we lay first theoretical results, in particular the existence of a concept lattice for each concept arity, and the role of relational projections to connect those different lattices. } 
    }
    


  5. Sébastien Ferré. Conception interactive d'ontologies par élimination de mondes possibles. In Ingénierie des connaissances (IC), 2015. AFIA. [WWW] Keyword(s): Semantic Web, ontology, OWL, design, syntax/semantic gap, interaction.
    Abstract:
    La conception d'ontologies constitue souvent un frein à l'adoption des techniques de l'ingénierie des connaissances et du Web sémantique. Une raison est bien sûr l'emploi de formalismes et des concepts logiques qui y sont associés. Une autre raison qui nous semble plus profonde est le fossé entre syntaxe et sémantique, c'est-à-dire entre la forme de surface de l'ontologie (axiomes) et ce qu'elle rend nécessaire/possible/impossible (modèles). Ce fossé entraîne des divergences entre l'intention du concepteur et sa modélisation qui se manifestent par des inférences inattendues, voire des incohérences. Nous proposons une nouvelle approche de conception d'ontologies fondée sur l'exploration et l'élimination interactive de ``mondes possibles'' (modèles). Elle réduit le fossé syntaxe/sémantique en interdisant par construction la production d'incohérence, et en montrant en permanence au concepteur ce qui peut être inféré ou non. Un prototype, PEW (Possible World Explorer), permet d'expérimenter cette approche et de la comparer à d'autres éditeurs d'ontologies.

    @inproceedings{Fer2015ic,
    title={Conception interactive d'ontologies par {\'e}limination de mondes possibles},
    author={Ferr{\'e}, S{\'e}bastien},
    booktitle={Ing\'enierie des connaissances ({IC})},
    year={2015},
    url={https://hal.inria.fr/hal-01165493},
    organization={AFIA},
    keywords={Semantic Web, ontology, OWL, design, syntax/semantic gap, interaction},
    abstract={ La conception d'ontologies constitue souvent un frein à l'adoption des techniques de l'ingénierie des connaissances et du Web sémantique. Une raison est bien sûr l'emploi de formalismes et des concepts logiques qui y sont associés. Une autre raison qui nous semble plus profonde est le fossé entre syntaxe et sémantique, c'est-à-dire entre la forme de surface de l'ontologie (axiomes) et ce qu'elle rend nécessaire/possible/impossible (modèles). Ce fossé entraîne des divergences entre l'intention du concepteur et sa modélisation qui se manifestent par des inférences inattendues, voire des incohérences. Nous proposons une nouvelle approche de conception d'ontologies fondée sur l'exploration et l'élimination interactive de ``mondes possibles'' (modèles). Elle réduit le fossé syntaxe/sémantique en interdisant par construction la production d'incohérence, et en montrant en permanence au concepteur ce qui peut être inféré ou non. Un prototype, PEW (Possible World Explorer), permet d'expérimenter cette approche et de la comparer à d'autres éditeurs d'ontologies. } 
    }
    


  6. Annie Foret. A Logical Information System Proposal for Browsing Terminological Resources. In T. Poibeau and P. Faber, editors, Int. Conf. Terminology and Artificial Intelligence, volume 1495 of CEUR Workshop Proceedings, pages 51-59, 2015. CEUR-WS.org. Note: Keywords : Scientific terminology, Technological terminology, Multilingual applications, Information extraction, Textual data mining, Information retrieval, Linguistic resources, Open Data, Information Quality, Legal Information. [WWW]
    Abstract:
    This article presents an automated construction of a logical information context from a terminological resource, available in xml ; we apply this to the resource FranceTerme and to Camelis tool and we discuss how the resulting context can be used with such a tool dedicated to logical contexts. The purpose of this development and the choices related to this experiment is twofold : to facilitate the use of a rich linguistic resource available as open-data in xml ; to test and envision a systematic transformation of such xml resources to logical contexts. A logical view of a context allows to explore information in a flexible way, without writing explicit queries, it may also provide insights on the quality of the data. Such a context can be enriched by other information (of diverse natures), it can also be linked with other applications (according to arguments supplied by the context).

    @inproceedings{DBLP:conf/tia/Foret15,
    author = {Annie Foret},
    title = {A Logical Information System Proposal for Browsing Terminological Resources},
    booktitle = {Int. Conf. Terminology and Artificial Intelligence},
    pages = {51--59},
    year = {2015},
    crossref = {DBLP:conf/tia/2015},
    url = {http://ceur-ws.org/Vol-1495/paper_14.pdf},
    biburl = {http://dblp.uni-trier.de/rec/bib/conf/tia/Foret15},
    bibsource = {dblp computer science bibliography, http://dblp.org},
    editor = {T. Poibeau and P. Faber},
    series = {{CEUR} Workshop Proceedings},
    volume = {1495},
    publisher = {CEUR-WS.org},
    abstract={This article presents an automated construction of a logical information context from a terminological resource, available in xml ; we apply this to the resource FranceTerme and to Camelis tool and we discuss how the resulting context can be used with such a tool dedicated to logical contexts. The purpose of this development and the choices related to this experiment is twofold : to facilitate the use of a rich linguistic resource available as open-data in xml ; to test and envision a systematic transformation of such xml resources to logical contexts. A logical view of a context allows to explore information in a flexible way, without writing explicit queries, it may also provide insights on the quality of the data. Such a context can be enriched by other information (of diverse natures), it can also be linked with other applications (according to arguments supplied by the context).},
    note = {Keywords : Scientific terminology, Technological terminology, Multilingual applications, Information extraction, Textual data mining, Information retrieval, Linguistic resources, Open Data, Information Quality, Legal Information} 
    }
    


  7. Annie Foret. A Logical Information System Proposal for Browsing Terminological Resources, Demo session. In T. Poibeau and P. Faber, editors, Int. Conf. Terminology and Artificial Intelligence, volume 1495 of CEUR Workshop Proceedings, 2015. CEUR-WS.org. [WWW]
    @inproceedings{DBLP:conf/tia/Foret15d,
    author = {Annie Foret},
    title = {A Logical Information System Proposal for Browsing Terminological Resources, Demo session},
    booktitle = {Int. Conf. Terminology and Artificial Intelligence},
    year = {2015},
    crossref = {DBLP:conf/tia/2015},
    url = {http://www.baobabeventos.com/#!tia2015/c12u6},
    editor = {T. Poibeau and P. Faber},
    series = {{CEUR} Workshop Proceedings},
    volume = {1495},
    publisher = {CEUR-WS.org},
    
    }
    


  8. Annie Foret. TermLis : un contexte d'information logique pour des ressources terminologiques. In Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles, pages 642-643, 2015. Association pour le Traitement Automatique des Langues. Note: Keywords:Multilingual applications, Classification, Information extraction, Textual data mining, Information retrieval, Linguistic resources, Open Data, Information Quality, Legal Information. [WWW]
    Abstract:
    We present TermLis a logical information context constructed from terminological resources available in XML (FranceTerme), for a flexible use with a logical context system (CAMELIS). A logical view of a context allows to explore information in a flexible way, without writing explicit queries, it may also provide insights on the quality of the data. Such a context can be enriched by other information (of diverse natures), it can also be linked with other applications (according to arguments supplied by the context). We show how to use TermLis and we illustrate, through this concrete realization from FranceTerme data, the advantages of such an approach with terminological data.

    @inproceedings{foret:2015:TALN,
    author = {Foret, Annie},
    title = {TermLis : un contexte d'information logique pour des ressources terminologiques},
    booktitle = {Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles},
    year = {2015},
    publisher = {Association pour le Traitement Automatique des Langues},
    pages = {642--643},
    url = {http://www.atala.org/taln_archives/TALN/TALN-2015/taln-2015-demo-004},
    abstract = {We present TermLis a logical information context constructed from terminological resources available in XML (FranceTerme), for a flexible use with a logical context system (CAMELIS). A logical view of a context allows to explore information in a flexible way, without writing explicit queries, it may also provide insights on the quality of the data. Such a context can be enriched by other information (of diverse natures), it can also be linked with other applications (according to arguments supplied by the context). We show how to use TermLis and we illustrate, through this concrete realization from FranceTerme data, the advantages of such an approach with terminological data. },
    note={keywords:Multilingual applications, Classification, Information extraction, Textual data mining, Information retrieval, Linguistic resources, Open Data, Information Quality, Legal Information} 
    }
    


  9. Annie Foret, Valérie Bellynck, and Christian Boitet. Akenou-Breizh, un projet de plate-forme valorisant des ressources et outils informatiques et linguistiques pour le breton. In Actes du Traitement Automatique des Langues Régionales de France et d'Europe, 2015. Association pour le Traitement Automatique des Langues. Note: Keywords : Breton, heritage language, usage language, tools and resources, contrastive studies. [WWW]
    Abstract:
    We present a new project, Akenou-Breizh, that aims to (1) put in place a platform allowing to study the influences of an heritage language, such as Breton, on a usage language, such as French, and (2) to make available, to all interested persons, tools well integrated in the "semantic and multilingual web" and proposing proactive access to various kinds of knowledge concerning Breton, as well as direct visualisation of infrasentential correspondences in aligned bilingual presentations. We plan not only to use the numerous freely available resources, in particular those of OPLB and of the APERTIUM project, but also to create new ones, such as good quality bilingual aligned corpora, thereby using the "collaborative web", and to build on the dedicated lingwarium.org web site linguistic modules improving on or extending those that exist, for example a morphological analyzer-generator.We also describe an experiment set up starting from a reduced lexicon for Breton, that shows how it is possible to enrich a classical dictionary, by linking it to a lattice of topics and to a context management system (here CAMELIS), in such a way one can query it (along semantic facets) and compare different resources.

    @inproceedings{foret-bellynck-boitet:2015:TALaRE,
    author = {Foret, Annie and Bellynck, Valérie and Boitet, Christian},
    title = {Akenou-Breizh, un projet de plate-forme valorisant des ressources et outils informatiques et linguistiques pour le breton},
    booktitle = {Actes du Traitement Automatique des Langues Régionales de France et d'Europe},
    year = {2015},
    publisher = {Association pour le Traitement Automatique des Langues},
    pages = {},
    url = {http://www.atala.org/taln_archives/TALARE/TALARE-2015/talare-2015-long-004},
    abstract = {We present a new project, Akenou-Breizh, that aims to (1) put in place a platform allowing to study the influences of an heritage language, such as Breton, on a usage language, such as French, and (2) to make available, to all interested persons, tools well integrated in the "semantic and multilingual web" and proposing proactive access to various kinds of knowledge concerning Breton, as well as direct visualisation of infrasentential correspondences in aligned bilingual presentations. We plan not only to use the numerous freely available resources, in particular those of OPLB and of the APERTIUM project, but also to create new ones, such as good quality bilingual aligned corpora, thereby using the "collaborative web", and to build on the dedicated lingwarium.org web site linguistic modules improving on or extending those that exist, for example a morphological analyzer-generator.We also describe an experiment set up starting from a reduced lexicon for Breton, that shows how it is possible to enrich a classical dictionary, by linking it to a lattice of topics and to a context management system (here CAMELIS), in such a way one can query it (along semantic facets) and compare different resources.},
    note={Keywords : Breton, heritage language, usage language, tools and resources, contrastive studies} 
    }
    


Miscellaneous
  1. Guillaume Aucher and Olivier Ridoux. Manifest: For more Interactions between Computer Science, Human and Social Sciences and Arts. Science des données et sciences humaines et sociales : atelier 4 du Data Science Symposium, November 2015. [WWW] [PDF] Keyword(s): Art, Computer science, Human and social sciences, Interdisciplinarity research.
    @misc{AucherRidoux2015manifest,
    TITLE = {{Manifest: For more Interactions between Computer Science, Human and Social Sciences and Arts}},
    AUTHOR = {Aucher, Guillaume and Ridoux, Olivier},
    URL = {https://hal.inria.fr/hal-01230651},
    HOWPUBLISHED = {{Science des donn{\'e}es et sciences humaines et sociales : atelier 4 du Data Science Symposium}},
    ORGANIZATION = {{IRISA}},
    PAGES = {6},
    YEAR = {2015},
    MONTH = Nov,
    KEYWORDS = {Art ; Computer science ; Human and social sciences ; Interdisciplinarity research},
    PDF = {https://hal.inria.fr/hal-01230651/file/ManifesteInfoSHS.pdf},
    HAL_ID = {hal-01230651},
    HAL_VERSION = {v1},
    
    }
    



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Last modified: Wed Sep 19 17:48:01 2018
Author: ferre.


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