1. Mouhamadou Ba. Composition guidée de services : application aux workflows d'analyse de données en bio-informatique. PhD thesis, Thèse de l'INSA Rennes - École doctorale MATISSE, 4 décembre 2015. Note: Supervisée par M. Ducassé et S. Ferré. Abstract:

   Dans les domaines scientifiques, particulièrement en bioinformatique, des services élémentaires sont composés sous forme de workflows pour effectuer des expériences d'analyse de données complexes. À cause de l'hétérogénéité des ressources, la composition de services est une tâche difficile. Les utilisateurs, en composant des workflows, manquent d'assistance pour retrouver et interconnecter les services compatibles. Les solutions existantes utilisent des services spéciaux définis de manière manuelle pour gérer les conversions de formats de données entre les entrées et sorties des services dans les workflows. Cela est pénible pour un utilisateur final. Gérer les incompatibilités des services avec des convertisseurs manuels prend du temps et est lourd. Il existe des solutions automatisées pour faciliter la composition de workflows mais elles sont généralement limitées dans le guidage et l'adaptation des données entre services. La première contribution de cette thèse propose de détecter systématiquement la convertibilité des sorties vers les entrées des services. La détection de convertibilité repose sur un système de règles basé sur une abstraction des types d'entrée et sortie des services. L'abstraction de types permet de considérer la nature et la composition des données d'entrée et sortie. Les règles permettent la décomposition et la composition ainsi que la spécialisation et la généralisation de types. Elles permettent également de générer des convertisseurs de données à utiliser entre services dans les workflows. La deuxième contribution propose une approche interactive qui permet de guider des utilisateurs à composer des workflows en fournissant des suggestions de services et de liaisons compatibles basées sur la convertibilité de types d'entrée et sortie des services. L'approche est basée sur le modèle des Systèmes d'Information Logiques (LIS) qui permettent des requêtes et une navigation guidées et sûres sur des données représentées avec une logique uniforme. Avec notre approche, la composition de workflows est sûre et complète vis-à-vis de propriétés désirées. Les résultats et les expériences, effectués sur des services et des types de données en bioinformatique, montrent la pertinence de nos approches. Nos approches offrent des mécanismes adaptés pour gérer les incompatibilités de services dans les workflows, en prenant en compte la structure composite des données d'entrée et sortie. Elles permettent également de guider, étape par étape, des utilisateurs à définir des workflows bien formés à travers des suggestions pertinentes.

   
   

   @PhdThesis{Ba2015PhD,
   author = {Mouhamadou Ba},
   title = {Composition guidée de services : application aux workflows d'analyse de données en bio-informatique},
   school = {Thèse de l'INSA Rennes - École doctorale MATISSE},
   year = {2015},
   month = {4 décembre},
   note = {Supervisée par M. Ducassé et S. Ferré},
   abstract = { Dans les domaines scientifiques, particulièrement en bioinformatique, des services élémentaires sont composés sous forme de workflows pour effectuer des expériences d'analyse de données complexes. À cause de l'hétérogénéité des ressources, la composition de services est une tâche difficile. Les utilisateurs, en composant des workflows, manquent d'assistance pour retrouver et interconnecter les services compatibles. Les solutions existantes utilisent des services spéciaux définis de manière manuelle pour gérer les conversions de formats de données entre les entrées et sorties des services dans les workflows. Cela est pénible pour un utilisateur final. Gérer les incompatibilités des services avec des convertisseurs manuels prend du temps et est lourd. Il existe des solutions automatisées pour faciliter la composition de workflows mais elles sont généralement limitées dans le guidage et l'adaptation des données entre services. La première contribution de cette thèse propose de détecter systématiquement la convertibilité des sorties vers les entrées des services. La détection de convertibilité repose sur un système de règles basé sur une abstraction des types d'entrée et sortie des services. L'abstraction de types permet de considérer la nature et la composition des données d'entrée et sortie. Les règles permettent la décomposition et la composition ainsi que la spécialisation et la généralisation de types. Elles permettent également de générer des convertisseurs de données à utiliser entre services dans les workflows. La deuxième contribution propose une approche interactive qui permet de guider des utilisateurs à composer des workflows en fournissant des suggestions de services et de liaisons compatibles basées sur la convertibilité de types d'entrée et sortie des services. L'approche est basée sur le modèle des Systèmes d'Information Logiques (LIS) qui permettent des requêtes et une navigation guidées et sûres sur des données représentées avec une logique uniforme. Avec notre approche, la composition de workflows est sûre et complète vis-à-vis de propriétés désirées. Les résultats et les expériences, effectués sur des services et des types de données en bioinformatique, montrent la pertinence de nos approches. Nos approches offrent des mécanismes adaptés pour gérer les incompatibilités de services dans les workflows, en prenant en compte la structure composite des données d'entrée et sortie. Elles permettent également de guider, étape par étape, des utilisateurs à définir des workflows bien formés à travers des suggestions pertinentes.},
   
   }
   

1. Mouhamadou Ba, Sébastien Ferré, and Mireille Ducassé. Safe Suggestions Based on Type Convertibility to Guide Workflow Composition. In F. Esposito, O. Pivert, M.-S. Hacid, Z.W. Ras, and S. Ferilli, editors, Int. Symp. Foundations of Intelligent Systems (ISMIS), LNCS 9384, 2015. Springer. Abstract:

   This paper proposes an interactive approach that guides users in the step-by-step composition of services by providing safe suggestions based on type convertibility. % Users specify the points of the workflow (called the focus) they want to complete, and our approach suggests services and connections whose data types are compatible with the focus. % We prove the safeness (every step produces a well-formed workflow) and the completeness (every well-formed workflow can be built) of our approach.

   
   

   @inproceedings{ba2015ISMIS,
   author = {Mouhamadou Ba and S{\'{e}}bastien Ferr{\'{e}} and Mireille Ducass{\'{e}}},
   title = {Safe Suggestions Based on Type Convertibility to Guide Workflow Composition},
   booktitle = {Int. Symp. Foundations of Intelligent Systems (ISMIS)},
   publisher = {Springer},
   series = {LNCS 9384},
   editor = {F. Esposito and O. Pivert and M.-S. Hacid and Z.W. Ras and S. Ferilli},
   year = {2015},
   abstract = { This paper proposes an interactive approach that guides users in the step-by-step composition of services by providing safe suggestions based on type convertibility. % Users specify the points of the workflow (called the focus) they want to complete, and our approach suggests services and connections whose data types are compatible with the focus. % We prove the safeness (every step produces a well-formed workflow) and the completeness (every well-formed workflow can be built) of our approach. } 
   }
   




2. Sébastien Ferré. A Proposal for Extending Formal Concept Analysis to Knowledge Graphs. In J. Baixeries, C. Sacarea, and M. Ojeda-Aciego, editors, Int. Conf. Formal Concept Analysis (ICFCA), LNCS 9113, pages 271-286, 2015. Springer. Keyword(s): formal concept analysis, knowledge graph, Semantic Web, graph pattern, relation, projection. Abstract:

   Knowledge graphs offer a versatile knowledge representation, and have been studied under different forms, such as conceptual graphs or Datalog databases. With the rise of the Semantic Web, more and more data are available as knowledge graphs. FCA has been successful for analyzing, mining, learning, and exploring tabular data, and our aim is to help transpose those results to graph-based data. Previous FCA approaches have already addressed relational data, hence graphs, but with various limits. We propose G-FCA as an extension of FCA where the formal context is a knowledge graph based on n-ary relationships. The main contributions is the introduction of ``n-ary concepts'', i.e. concepts whose extents are n-ary relations of objects. Their intents, ``projected graph patterns'', mix relationships of different arities, objects, and variables. In this paper, we lay first theoretical results, in particular the existence of a concept lattice for each concept arity, and the role of relational projections to connect those different lattices.

   
   

   @inproceedings{Fer2015icfca,
   author = {S{\'{e}}bastien Ferr{\'{e}}},
   title = {A Proposal for Extending Formal Concept Analysis to Knowledge Graphs},
   booktitle = {Int. Conf. Formal Concept Analysis ({ICFCA})},
   pages = {271--286},
   year = {2015},
   editor = {J. Baixeries and C. Sacarea and M. Ojeda{-}Aciego},
   series = {LNCS 9113},
   publisher = {Springer},
   keywords = {formal concept analysis, knowledge graph, Semantic Web, graph pattern, relation, projection},
   abstract = { Knowledge graphs offer a versatile knowledge representation, and have been studied under different forms, such as conceptual graphs or Datalog databases. With the rise of the Semantic Web, more and more data are available as knowledge graphs. FCA has been successful for analyzing, mining, learning, and exploring tabular data, and our aim is to help transpose those results to graph-based data. Previous FCA approaches have already addressed relational data, hence graphs, but with various limits. We propose G-FCA as an extension of FCA where the formal context is a knowledge graph based on n-ary relationships. The main contributions is the introduction of ``n-ary concepts'', i.e. concepts whose extents are n-ary relations of objects. Their intents, ``projected graph patterns'', mix relationships of different arities, objects, and variables. In this paper, we lay first theoretical results, in particular the existence of a concept lattice for each concept arity, and the role of relational projections to connect those different lattices. } 
   }
   




3. Sébastien Ferré. Conception interactive d'ontologies par élimination de mondes possibles. In Ingénierie des connaissances (IC), 2015. AFIA. [WWW] Keyword(s): Semantic Web, ontology, OWL, design, syntax/semantic gap, interaction. Abstract:

   La conception d'ontologies constitue souvent un frein à l'adoption des techniques de l'ingénierie des connaissances et du Web sémantique. Une raison est bien sûr l'emploi de formalismes et des concepts logiques qui y sont associés. Une autre raison qui nous semble plus profonde est le fossé entre syntaxe et sémantique, c'est-à-dire entre la forme de surface de l'ontologie (axiomes) et ce qu'elle rend nécessaire/possible/impossible (modèles). Ce fossé entraîne des divergences entre l'intention du concepteur et sa modélisation qui se manifestent par des inférences inattendues, voire des incohérences. Nous proposons une nouvelle approche de conception d'ontologies fondée sur l'exploration et l'élimination interactive de ``mondes possibles'' (modèles). Elle réduit le fossé syntaxe/sémantique en interdisant par construction la production d'incohérence, et en montrant en permanence au concepteur ce qui peut être inféré ou non. Un prototype, PEW (Possible World Explorer), permet d'expérimenter cette approche et de la comparer à d'autres éditeurs d'ontologies.

   
   

   @inproceedings{Fer2015ic,
   title={Conception interactive d'ontologies par {\'e}limination de mondes possibles},
   author={Ferr{\'e}, S{\'e}bastien},
   booktitle={Ing\'enierie des connaissances ({IC})},
   year={2015},
   url={https://hal.inria.fr/hal-01165493},
   organization={AFIA},
   keywords={Semantic Web, ontology, OWL, design, syntax/semantic gap, interaction},
   abstract={ La conception d'ontologies constitue souvent un frein à l'adoption des techniques de l'ingénierie des connaissances et du Web sémantique. Une raison est bien sûr l'emploi de formalismes et des concepts logiques qui y sont associés. Une autre raison qui nous semble plus profonde est le fossé entre syntaxe et sémantique, c'est-à-dire entre la forme de surface de l'ontologie (axiomes) et ce qu'elle rend nécessaire/possible/impossible (modèles). Ce fossé entraîne des divergences entre l'intention du concepteur et sa modélisation qui se manifestent par des inférences inattendues, voire des incohérences. Nous proposons une nouvelle approche de conception d'ontologies fondée sur l'exploration et l'élimination interactive de ``mondes possibles'' (modèles). Elle réduit le fossé syntaxe/sémantique en interdisant par construction la production d'incohérence, et en montrant en permanence au concepteur ce qui peut être inféré ou non. Un prototype, PEW (Possible World Explorer), permet d'expérimenter cette approche et de la comparer à d'autres éditeurs d'ontologies. } 
   }
   

This material is presented to ensure timely dissemination of scholarly and technical work. Copyright and all rights therein are retained by authors or by other copyright holders. All person copying this information are expected to adhere to the terms and constraints invoked by each author's copyright. In most cases, these works may not be reposted without the explicit permission of the copyright holder.

Les documents contenus dans ces répertoires sont rendus disponibles par les auteurs qui y ont contribué en vue d'assurer la diffusion à temps de travaux savants et techniques sur une base non-commerciale. Les droits de copie et autres droits sont gardés par les auteurs et par les détenteurs du copyright, en dépit du fait qu'ils présentent ici leurs travaux sous forme électronique. Les personnes copiant ces informations doivent adhérer aux termes et contraintes couverts par le copyright de chaque auteur. Ces travaux ne peuvent pas être rendus disponibles ailleurs sans la permission explicite du détenteur du copyright.

This document was translated from BibT_EX by bibtex2html